勞動事件法是在民國109年1月1日施行，其中該法第38條：「出勤紀錄內記載之勞工出勤時間，推定勞工於該時間內經雇主同意而執行職務。」之規定，對於有實施加班申請制的公司有什麼影響？例如勞工加班沒有向公司申請，但打卡紀錄卻有勞工的加班紀錄，此時得否認定勞工加班？以下就來介紹勞動事件法施行前後實務見解的變化。
一、勞動事件法施行前
在勞動事件法施行前，有認為既然公司規定加班必須先申請，則此為工作規則的一環，員工理當遵守，若勞工未經雇主同意片面延長工時，即非為合於規定之加班，不得請求加班費，以免侵害雇主之同意及人事管理權(最高法院108年度台上字第890號民事判決、107年度高等行政法院法律座談會提案及研討結果第5號乙說參照)。
當然也有不同意見認為，若雇主未制止或反對之意思而受領員工提供之勞務，則應認勞動契約的當事人就延長工時達成合致的意思表示，不因雇主採取加班申請至而有所不同。更何況員工有時囿於組織文化、氛圍或潛規則，以致有加班事實但不能申請加班。所以如果雇主消極容忍，而無具體反證反對員工提供勞務之意思(例如下班時間一到即斷水斷電)，或公司在出缺勤管理發現有異常刷退卻沒有查核、更正不實的打卡紀錄，則公司仍應給予加班費(最高行政法院 108 年度判字第 437 號 判決、107年度高等行政法院法律座談會提案及研討結果第5號甲說參照)。
二、勞動事件法施行後
在勞動事件法施行後，民事法院則是以勞動事件法第38條的立法理由指出，雇主本於其管理勞工出勤之權利及所負出勤紀錄之備置義務，對於勞工之工作時間具有較強之證明能力。爰就勞工與雇主間關於工作時間之爭執，明定出勤紀錄內記載之勞工出勤時間，推定勞工於該時間內經雇主同意而執行職務；雇主如主張該時間內有休息時間或勞工係未經雇主同意而自行於該期間內執行職務等情形，不應列入工作時間計算者，亦得提出勞動契約、工作規則或其他管理資料作為反對之證據，而推翻上述推定，以合理調整勞工所負舉證責任，謀求勞工與雇主間訴訟上之實質平等(臺灣高等法院108年度勞上易字第63號民事判決、臺灣高等法院臺中分院109年度勞上易字第13號民事判決參照)，循此見解，公司是可以提出加班申請制的規範作為推翻出勤紀錄的反證，只不過是否均一律可以推翻，仍需視個案而定；另有法院認為，基於衡平，109 年1 月1 日施行前之推定加班，雇主反證之證明度得以降低(臺灣士林地方法院109年度重勞訴字第15號民事判決參照)。
惟亦有法院指出，因勞工常屬於弱勢之一方，或有時囿於組織文化、氛圍或潛規則，難以期待其得以立於平等地位與雇主協商，且雇主對於勞工在其管領下的工作場所提供勞務，具有指揮監督的權利及可能，故勞工加班，無論是基於雇主明示的意思而為雇主提供勞務，或雇主明知或可得而知勞工在其指揮監督下的工作場所延長工時提供勞務，卻未制止或為反對的意思表示而予以受領，則應認勞動契約雙方當事人已就延長工時達成合致的意思表示，雇主負有本於勞動契約及勞基法規定給付加班費的義務，此不因雇主採取加班申請而有所不同(臺灣高等法院109年度勞上易字第102號民事判決參照)。
三、加班申請制在勞動事件法施行後是否仍有用武之地？
勞動事件法施行後，若公司有加班申請制的規定，還是可以作為反證推翻出勤紀錄的推定效力，只是公司還必須提出加班申請制如何落實、員工先前有無申請加班及獲准、如員工有異常刷退紀錄有無檢討及要求員工改善等等紀錄(臺灣新北地方法院109年度勞訴字第123號民事判決參照)，不能單單只是說公司有加班申請制的規定，否則會讓外人看起來這是一個看得到用不到的制度，不容易推翻出勤紀錄的推定效力。